我科2009年承担的“中医药管理局行业专项”“中医药治疗流行性乙型脑炎的临床方案与诊疗规律的临床研究，已发表论文《涂晋文教授关于流行性乙型脑炎治疗“五忌”的观点》、《142例流行性乙型脑炎临床观察分析》、《46例流行性乙型脑炎临床特征分析》等。

中医药防治病毒相关性脑病的研究是本专科发展中稳定的研究方向之一。本学科辨病与辨证论结合在治疗病毒相关性脑病方面积累了丰富的经验。病毒相关性脑病相当于中医 “痿证”、 “痉病”等，以潜伏期长（数月至数十年不等），起病缓慢，呈进行性、致死性发展为特征。该疾病给家庭和社会带来沉重的经济和精神负担，引起国内外学者的极大关注。迄今为止，尚无特别有效的预防和治疗药物。因此加强对病毒相关性脑病的研究尤显重要。

我科自上世纪六十年代初就开展了中医治疗“流脑”、“乙脑”的研究，以“温病条辨”等中医理论为指导，根据乙脑起病急、传变快、易出现热盛动风、热陷心包、耗气动血等危重病症特点，自创“乙脑合剂”、“双解素”、“复方板蓝根注射液”通过口服、灌肠及肌肉、静脉注射治疗流脑、乙脑，取得良好临床疗效，受到国内专家一致肯定，并出版了《中西医结合防治流行性乙型脑炎》（人民卫生出版社，1972）、其研究成果在由卫生部主办的“全国中西医结合防治乙脑、流脑学术班”进行推广。

2009年，我科主持承担了国家中医药治疗流行性乙型脑炎的临床方案与诊疗规律的临床研究，和无症状HIV感染者中药早期干预研究，中医药干预对艾滋病免疫重建的研究，艾滋病机会性感染和减少HAARAI毒副作用的中医药治疗，中医防治艾滋病临床科研基地建设，对治疗中枢神经系统病毒病有一定的经验。